Módulo para avaliação manual de pedido

O problema:
Clientes estão fazendo compras e realizando pagamentos de itens que "Aceitam encomendas mas não possuem estoque", e não estou conseguindo cumprir com a venda pois no fornecedor não tem mais o item.

Solução:
Não deixar o cliente concluir a compra com pagamento e sim como uma "intenção de compra", como se fosse uma compra por cheque ou pagamento na entrega, onde não dê baixa em estoque e nem financeiro, assim, os meus vendedores podem verificar individualmente cada compra que tenha item zerado mas liberado para encomenda, e assim dar o aval para o cliente realizar o pagamento ou cancelar a compra de vez.

Preciso fazer a seguinte alteração:
Quando o cliente colocar algum produto no carrinho que o status seja "Sem estoque e aceita encomendas" e que a quantidade de item no estoque seja 0 ou inferior, os modos de pagamento padrão fiquem escondidos e apareça apenas um modo em que o cliente não consiga efetuar o pagamento e sim pedir para um vendedor verificar o pedido, todavia, salvando o pedido no site. Seria interessante que, quando o cliente clickasse para finalizar por esse meio, abrisse um modal explicando que o pedido vai ser conferido manualmente, e dentro de 24h a gente entra em contato com o cliente. E que também deixa claro que os itens em vermelho são os que estão para verificação e, caso o cliente queira finalizar a compra dos itens em estoque, é só excluir os outros do carrinho.


Gostaria que essa função fosse feita no function.php do tema se possível.