Calcular a Média de Conjuntos de Pixeis em uma Imagem Limiarizada

Saudações

Preciso fazer o cálculo da média de um determinado conjunto de pixeis em uma imagem binária, limiarizada. Esse cálculo está fazendo, porém está com alguma coisa incorreta, que está dando diferença na hora de contar os conjuntos, por exemplo uma imagem de 100x100 preta, ele está contando um todos de 9801 pixeis, ao invés de 10000.

Preciso saber a média dos conjuntos para posteriormente fazer a eliminação de forma automática dos conjuntos que não são necessários, ou seja, os muito grandes acima de média e os muito baixos. Como as imagens são binárias, o que for desnecessário pode ser pintado da cor do fundo, no caso branco, mas de forma automática, e gerar uma nova imagem.

Mais informações repasso aos interessados.

Segue em anexo algumas imagens :
Imagem01 Limiarizacao - Otsu.bmp ==> Imagem a ser processada (a ferramenta já faz a rotulação e o cálculo da média, o  problema é que está contando os conjuntos de forma errada, e também não faz ainda a eliminação do do que será desnecessário.)

Imagem01 Filtrada - Otsu.bmp ==> Próximo do que deve resultar.