Interfaz web para funcionar en intranet, Programación expresiones regulares

Interfaz web para funcionar en intranet que por medio de programación (creo de expresiones regulares) reciba un archivo de txt busque palabra predefinida en determinada ubicación de la línea y al final de línea inserte un código.
Es un archivo que viene sin datos parametrizados y nuestro sistema siempre deja fuera muchos registros por ello, por lo que debemos leerlo buscar las palabras y a final de línea poner un código por el cual hicimos que el sistema lo catalogue bien.
Las palabras por buscar en el archivo son 77 pero como se cargan a mano por operadores viene mal escitas con o sin acentos etc.,
tendríamos q tener la posibilidad de colocar opciones a esas 77 variables buscadas en el archivo
La carga del archivo puede ser de cualquier manera (examinar, drag and drop, colocar archivo en directorio determinado) no me importa mucho