Uso De Software Agreda

Nosotros daremos el nombre de 10 moléculas y queremos que la persona contratada pueda extraer del modelo Agreda las rutas metabólicas que entrega este software asociadas a esas moléculas.

para usar agreda estos son los pasos a seguir:

disponibilidad de código
el código fuente para generar agreda se puede encontrar
en https://github.com/tblasco/Agreda .
agreda
agreda (reconstrucción para el análisis de la dieta basado en agora) es un
nuevo repositorio de modelos metabólicos a escala del genoma de la
microbiota intestinal humana. AGREDA incluye vías de degradación para
muchos compuestos derivados de la dieta, que son metabolizados
principalmente por la microbiota intestinal. En particular, AGREDA incorpora 179
vías de degradación de compuestos fenólicos, que juegan un papel importante
en la salud y la nutrición humana, y están estrechamente relacionadas con la
microbiota intestinal humana.
El modelo mixto de AGREDA y los modelos de especies posteriores se pueden
encontrar en el archivo AGREDA_v1.0.0.zip .
Consulte las siguientes secciones para obtener una descripción de la ejecución
de la canalización.
requisitos de software
 será necesario instalar matlab. Alentamos a los usuarios a descargar la
versión R2018a.
 Las licencias académicas gratuitas para el solucionador ibm cplex se
pueden obtener
en https://www.ibm.com/developerworks/community/blogs/jfp/entry/CP
LEX_Is_Free_For_Students?lang=en . Recomendamos a los usuarios que
descarguen la versión 12.8.0 de CPLEX.
 Enlace de github de
Cobratoolbox https://github.com/opencobra/cobratoolbox .
 Para generar el modelo supraorganismo, descargue la versión AGORA
1.03 (con mucinas) de https://vmh.life/#downloadview y localice las
reconstrucciones metabólicas en formato .mat en
el directorio ./Pipeline/input/AGORA_models/ .
 Para ejecutar cualquier sección de la canalización, descomprima los
archivos AGREDA_UNBALANCED.zip , modelSEED.zip y supraOrganis
m-all_models.zip ubicados en el directorio ./Pipeline/output/Models/ .
EJECUCIÓN
El script main.m puede ejecutar diferentes secciones de forma independiente ,
ya que todos los datos necesarios se encuentran en el directorio de entrada.
 Main.m Sección 1: Modelo de bolsa mixta AGORA -> Creación de modelos
AGORA de nivel de especie y bolsa mixta.
 Main.m Sección 2: Edificio AGREDA -> Edificio AGREDA modelo mixto.
 Main.m Sección 3: Equilibrio AGREDA -> Análisis de una sola especie
tiempo de ejecución
 main.m Sección 1: modelo de bolsa mixta AGORA -> alrededor de 1,5 horas.
 Main.m Tramo 2: Edificio AGREDA -> alrededor de 9 horas.
 Main.m Sección 3: Balanceo de agreda -> alrededor de 2 horas
contenido de la carpeta
consulte las siguientes secciones para obtener una descripción de la ejecución
de la canalización.
carpeta de entrada
agora_modelos:
carpeta que contiene modelos agora en formato .mat.
Anotación:
 AGORA_SEED_with_exc.xlsx: vínculo entre AGORA y los metabolitos de
modelSEED.
 Input_metabolites.xlsx: Lista de metabolitos/nutrientes de i-Diet.
 Manual_added_ECnumbers_to_rxns.xlsx: números EC agregados
manualmente a las reacciones de la red metabólica modelSEED.
 Manual_added_trRules_to_ECnumbers.xlsx: información taxonómica
agregada manualmente a los números EC.
 Manual_added_ECnumbers_to_rxns.xlsx: información taxonómica agregada
manualmente a las reacciones de la red metabólica modelSEED.
 MergeMetabolitesSEED.xlsx: metabolitos comunes de modelSEED que deben
fusionarse.
 New_metabolites.xlsx: metabolitos agregados del conocimiento experto.
 New_reactions.xlsx: reacciones añadidas del conocimiento experto.
 No_bacteria.xlsx: reacciones respecto a especies no presentes en el modelo.
 RemoveMetabolitesSEED.xlsx: metabolitos con evidencia limitada que deben
eliminarse del modelo.
 SpeciesInfo.xlsx: información de las especies presentes en AGORA.
 Table_similarity.xlsx: metabolitos repetidos dentro de modelSEED.
 TargetMetabolites.xlsx: conjunto de metabolitos para agregar una reacción de
transporte, basado en la evidencia encontrada en HMDB.
Números_EC:
 myRAST: Carpeta que contiene los números EC obtenidos de myRAST.
 KEGG: Carpeta que contiene números ec obtenidos de la base de datos kegg.
FVA_Especies:
Carpeta que contiene información de fastFVA durante el proceso de equilibrio
de especies.
OpcionesFastcore:
 blockDietRxnsOut_AGREDA_UNBALANCED.mat: reacción bloqueada de
producción de metabolitos de i-Diet.
 BlockDietRxnsUp_AGREDA_UNBALANCED.mat: reacción bloqueada de
absorción de metabolitos de i-Diet.
 FastFVAAgoraSeedExpertBounded_AGREDA_UNBALANCED.mat: resultado
de fastFVA del modelo combinado global.
 RemoveNotAnnotatedRxnsFastFVA.mat: resultado de fastFVA después de
eliminar reacciones sin taxonomía.
Especies para fusionar:
 all_models.mat: Todas las especies presentes en Agora.
carpeta de código
 addexchangesinfo.m: función para agregar reacción de transporte a un
conjunto de metabolitos según la evidencia encontrada en HMDB.
 AddMetabolites.m: función para agregar los metabolitos del conocimiento
experto.
 AddReactions.m: función para agregar las reacciones del conocimiento
experto.
 ApplyFastcoreDiet.m: función para integrar los metabolitos de i-Diet de
manera eficiente para generar el modelo AGREDA, basado en
fastCoreWeighted.
 BalanceSpecies.m: función para balancear el modelo AGREDA basado en los
caminos de las especies.
 Concatenatemodels.m: función para concatenar las redes metabólicas agora
y seed con todos sus campos.
 Create_exchange_reaction_agora.m: función para crear reacciones de
intercambio (si es necesario) para los metabolitos de i-Diet presentes en
AGORA.
 Create_exchange_reaction_seed.m: función para crear reacciones de
intercambio (si es necesario) para los metabolitos de i-Diet presentes en SEED.
 FBA.m: función para aplicar Flux Balance Analysis.
 Manageec_pipeline.m: función para agregar información taxonómica a la red
metabólica de seed a través de la información del número ec.
 MapToAGREDA.m: función para contextualizar información de especies al
modelo AGREDA.
 Merge_mets_by_structure.m: función para fusionar información de
metabolitos repetidos en SEED.
 MergeDupRxns: función para fusionar reacciones duplicadas en un modelo.
 MergeMets.m: función para fusionar información de metabolitos de
modelSEED.
 Mergeseedmetabolites.m: función para fusionar los modelos agora y seed.
 MergeSpeciesLevel.m: función para concatenar todas las reconstrucciones de
AGORA.
 MergeSupraOrganism.m: función para fusionar el modelo a nivel de especie
en un modelo mixto.
 RemoveNotAnnotatedRxns.m: función para eliminar rxns no anotadas del
modelo final y aplicar una reconstrucción del modelo con fastFVA.
 RemoveProblematicMets.m: función para eliminar metabolitos de modelSEED
con evidencia limitada.
 Removerxnsandmets.m: función para eliminar un conjunto de reacciones y
sus metabolitos relacionados (si es necesario) de un modelo, en función de un
índice de reacción.
carpeta de salida
modelos:
carpeta que contiene los modelos generados durante los diferentes pasos del
pipeline.