Resolución de Error en Vps Apache

Busco experto en apache/whm/cpanel/mysql/php para desgranar problemas con servidor vps que tira errores 500 en varias páginas, con alta carga de cpu/memoria. El VPS tiene pocas cuentas, una de las cuales genera los picos. Se intenta descubrir qué página/solicitud genera el problema, si existe algún loop, si existe una configuración erronea del entorno y todo elemento que permita resolver el problema.


A saber; estos mismos sitios se encontraban en otro VPS (mismo hosting), y no se generaban estos errores. Se migró a un nuevo VPS (mismas caracteristicas y mismo hosting) por un tema comercial, esperando mismo rendimiento. Sin embargo, se encuentra producto de estos errores casi inutilizable.


Agregado:
Les comento que la cuenta que genera los picos de uso de CPU es una en el vps. El vps tiene 10 cuentas aprox; todas de uso muy bajo. Unicamente la que genera los picos tiene 4k visitantes diarios.
El error 500 es intermitente, es decir, hay días que aparece una vez cada 5 paginas que cargas y hay días que parece funcionar bien, pero siempre en algun momento aparece.

El tema es que no sólo aparece en esta web, sino también en las otras. Es algo raro. Como ejemplo, ayer por la noche estaba inutilizables casi todas las web.
Si me fijo en Virtuozzo me aparece el index.php de esa cuenta (Usa Expression Engine basado en codeigniter) usando el cpu al 80%.

El sitio tiene decenas de templates, así que si es un problema de un loop o un tema de optimización debería poder llegar a la conclusión de qué template específico lo genera, para modificarlo. Puede también que ver con un problema de modulos o mala configuración del php, o mismo del htaccess que tiene definidas varias reglas. El vps utiliza el modulo mod_pagespeed de google (intenté desactivandolo como debug pero siguen apareciendo los errores).


En relación al servidor anterior, hicimos la migración hace unos meses, y se han realizado algunas modificaciones en los templates de la web, pero la base siempre fue la misma, y los errores 500 aparecieron desde un comienzo, aunque en menor medida (van "creciendo")