Re-escribir código Front-End de tienda web en Php, Mysql, a Mvc , Bootstrap & Jquery

Introducción:
Actualmente tengo una tienda web funcionando. Comencé usando una script básico y lo he ido mejorando durante el tiempo trabaja con PHP, Mysql y le he agregado Bootstrap bastante y algo de ajax para búsqueda automática etc.

Se requiere:
1) Re-escribir el código en forma mas organizada siguiendo el modelo MVC ( Model view controller). Tengo el framework básico para el MVC, se crean los controladores, consultan los modelos cmo clases y se incluyen las vistas.
2) Aplicar 100% Bootstrap y que sea responsive para todos los dispositivos. Ahora esta a medias solamente.
3) Mejorar los aspectos visuales. Incluso tengo algunas pantallas aun no convertidas a bootstrap y no se ven tan bien.
4) Usar clases para asegurar que los métodos se apliquen en un solo lugar y pueda tener el control. Actualmente mi front-end usa solo funciones hay que pasarlas a clases. No tiene que ser 100% POO solo los modelos.
Los controladores pueden ser funciones.
5) Usar consultas AJAX con JQuery. Actualmente lo uso para la busqueda de items pero habría que aplicarlo también en la paginación, y en los formularios.
6) Mejorar el proceso de Checkout con Jquery actualmente va de pantalla en pantalla la ida es que el dom se modifique se creen o eliminen partes según las opciones elegidas por el cliente: forma de despacho, comuna etc hoy lo hago mediante php.
7) Cualquier mejora que se ofrezca será reconocida para continuar en otra etapa para mejorar el back-end ya que lo estoy transformando en un ERP y aun necesita implementar varias funcionalidades.

Resumen
El front-end basicamente muestra las categorias y sus productos, permite agregar al carrito y hacer el checkout hasta crear el pedido. Tambien se puede registrar el cliente y modificar sus datos. Tambien se muestran articulos (recetas de jabones etc) y otras paginas estáticas que tambien habria que pasar a vistas.
Este es el link a la página actual: www.tiendanaturalcare.cl

Experiencia del programador en:
- PHP & Mysql
- Bootstrap 3.0
- MVC model
- Jquery / Ajax
- Clases en PHP