Modificaciones/Mejoras de Aplicación de Escritorio Java

Tengo un proyecto de 2 meses aprox, con bastante flexibilidad en cuanto a la dedicación diaria/semanal requerida.

El proyecto consiste en modificar una aplicación Java de escritorio que se utiliza para simular el crecimiento de una ciudad en base a diferentes variables.

Originalmente la aplicación fue desarrollada como trabajo final de una tesis de grado de una Universidad. Basicamente lo que hace la aplicación es:
1) Entrada: Lee archivos raster dataset como entrada (específicos de ESRI/Arcgis), y los convierte a formato ascii (txt). Al mismo tiempo, carga los raster dataset en un visualizador.

2) Salida: A partir de los archivos txt y diferentes parámetros configurados manualmente por el usuario, genera un archivo raster dataset, un archivo ascii y varias imágenes.

Se necesita hacer una serie de modificaciones y mejoras a la aplicación, manteniendo la lógica/funcionamiento de la misma, entre las que se destacan:
- Modificar el tipo de entrada: en lugar de leer archivos raster dataset, debe leer archivos TIFF
- Eliminar el visualizador y el uso del Arcgis engine o el sdk de esri.
- Permitir tener un número variable de entradas (actualmente sólo permite 6 variables fijas). Esto requerirá entender el algoritmo actual, que maneja matrices y arreglos.
- Cambios pequeños de nombres y etiquetas en la aplicación.

El objetivo es trabajar por objetivo y horas. Si se cumple cumple la primer tarea en un tiempo razonable, pasaremos a la segunda y así sucesivamente.