Corregir unos detalles de un programa en php

Buenas, necesito corregir unos detalles en un sistema web de facturación electrónica de mexico los detalles son los siguientes:

1.- Cuando por error no se logra timbrar el documento  (factura, nota de crédito o comprobante de pago) nos esta mostrando el error, pero guarda los datos del documento y cuando regresamos no los muestra para que podamos intentar timbrar de nuevo en consecuencia aparece que se incrementa el folio de documento para volverlo a realizar.

2.- Que los folios y series puedan ser editados de cada documento en el sistema y que estén por separado cada uno de los folios internos que maneja para cada documento por que actualmente maneja el mismo folio.

3.- En la pagina se tienen indicadores de folios ocupados y folios restantes estos no funcionan se desea que funcionen esos indicadores.

4.- A la hora de subir el sello digital se desea que pueda ser validado ya que si no es correcta la contraseña o ya no esta vigente no nos avisa y en consecuencia nos muestra error al facturar
.
5.- Nuestro pac realizo cambios para la acción de cancelar algún documento así que es necesario  realizar esos cambios para que ahora ya pueda cancelar dicho documento.

6.- En la parte de registro no me permite cambiar el régimen se desea que en el combo aparezcan todos los regímenes fiscales para pueda ser ingresado el régimen correcto, así como para verificación se necesita que se envié un correo para que se active la cuenta y verificar que todos los datos registrados sean correctos ya que no esta registrando bien el estado y municipio

5.- Poner un capcha al login  y registro  verificar que no se pueda acceder a las demás paginas sin haber iniciado sesión.

el código esta en php puro si me pueden ayudar de favor indique me como lo resolverían y que ya leyeron los requerimientos de favor

gracias