Cliptool Ffmpeg

Tengo una aplicacion programada en java que utiliza el comando $ ffmpeg -i input.mp4 -ss 00:05:20 -t 00:10:00 -c:v copy -c:a copy output1.mp4 para realizar clips, en el video veran que hay 2 versiones: la vieja y la nueva; la versión que tengo descompilada para que la modifiquen es la "vieja" (la version nueva no se donde quedó). En la versión nueva (clip 1) se pueden crear clips (los cuales se convierten automaticamente a mp4) y se guarda un archivo .txt con los tiempos de cada clip, en la versión vieja únicamente se guardan los clips en formato .mkv (la interfaz es exactamente la misma).

Desearia modificar la versión "vieja" para que:
1)convierta automaticamente los recortes a .mp4
2)permita colocar un nombre de archivo a cada clip que se genera (imagen adjuntada)
3)que genere un archivo .txt con los horarios del clip (00:10:00-00:20:00) y el nombre de los archivos.

2da Opción:
El método que estoy utilizando ahora es el que se ve en el video "nuevometodo.mkv", con una planilla de excel completo los valores de hora de inicio, nombre de archivo, hora de final del corte, y ejecuto los comandos en el CMD. La idea sería desarrollar una aplicación básica que me permita realizar esto de forma más rápida (que pueda abrir los archivos desde la app, ingresar los valores y realizar los cortes) sin tener que abrir excel ni la consola, y que guarde los valores de los cortes en un archivo .txt