Cálculo de comisiones

Buenos días.
Trabajo en una empresa en la que tenemos un sistema de gestión que entre otras funciones, cada vez que ingresa un pago, calcula la comisión correspondiente del vendedor. Esa información se puede descargar en una planilla de excel con el siguiente detalle de columnas; N° factura, Fecha, N° recibo, vendedor e importe cobrado que sería la comisión generada.
El sistema calcula la comisión cada vez que se ingresa un pago, independientemente de que la factura que le da origen se haya cobrado total o parcialmente. Como la empresa tiene la política de pagar comisiones sólo sobre facturas cobradas totalmente, necesito cruzar esa planilla contra otra que detalla las facturas pendientes de cobro para poder acreditar en la ficha del vendedor las comisiones provenientes sólo de las facturas totalmente cobradas.
Mensualmente descargaríamos la planilla con el cálculo de comisiones, cruzaríamos con el detalle de facturas pendientes de cobro y pasaríamos en una ficha individual del vendedor sólo el detalle del cálculo de la comisión correspondiente a facturas canceladas.
Puede darse que en un mes determinado ingrese un pago parcial sobre una factura y recién al mes siguiente se cancela totalmente. Recién ahí tienen que impactar en la ficha del vendedor las comisiones que se fueron generando sobre los pagos parciales realizados con anterioridad.
Espero haber sido claro.